协同创新中心实行理事会指导下的主任负责制，理事会作为协同创新中心的决策机构，由高等学校、科研院所、行业主管部门、需求方等各单位的代表共同组成，协同负责创新中心重大工作事项决策。理事会设理事长1名，副理事长4名、理事15名，秘书长1名。其中理事长、副理事长采用推选制，由中心成员法定代表人或主要领导担任。